Na početku treba istaknuti da metodologija rada u najvećoj mjeri ovisi o pristupu i načinu rada pojedinog voditelja. Uz pomoć vlastitih kompetencija, znanja i vještina mogu na kreativan način kreirati tijek nastave. Na taj način, a u skladu sa zadanim ciljevima te razvojnim mogućnostima učenika, izmjenjuju se strategije, metode i oblici rada kako bi se učeniku omogućilo da na lakši i bezbrižniji način svladava programom predviđene sadržaje te opušteno provodi svoje slobodno vrijeme. Školi je uvijek na umu njezin primarni cilj nastave u Produženom boravku: da postane učenikov drugi dom sa svim obilježjima ugodnog, obiteljskog i prijateljskog okružja.

Za nastavu u Produženom boravku od velike su važnosti pedagoška načela učenja koja se temelje na tome da je: